Balıkçılık ve Su Ürünleri Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır:

a) Su ürünlerinin ve su ürünleri kaynaklarının sürdürülebilirlik temelinde işletilmesi ve geliştirilmesini sağlamak, buna yönelik koruma önlemlerini gerçekleştirmek, avcılık ve yetiştiricilik ile pazarlanmasına, balıkçı barınakları ile balıkçılık ve su ürünleri alt yapılarının geliştirilmesi ve işletilmesine, su ürünleri ile ilgili her türlü bilgi ve belge toplanmasına ve bu bilgilere yönelik kayıt sisteminin geliştirilmesine ilişkin düzenlemeleri uygulamak, getirilen düzenlemeler kapsamında izleme, kontrol ve denetim ile cezai müeyyideleri gerçekleştirmek,

b) Balıkçılık ve su ürünleri kaynaklarını koruma, üretim ve yetiştiricilik alanlarını belirleyerek, bu alanlarda koruyucu tedbirleri almak,

c) Su ürünleri üretim potansiyeline uygun geliştirme projeleri hazırlamak ve/veya hazırlatmak.

ç) Su ürünleri ile ilgili inceleme, değerlendirme çalışmaları yapmak, Bakanlığın belirlediği esaslar dahilinde ve yetkisi ölçüsünde ilde her türlü teşvik ve koruma tedbirlerinin alınmasını, balıkçılık ve su ürünleri yetiştiriciliğine uygun üretim alanları ve balıkçı 9 barınaklarına ilişkin esasları, üretim araçlarının asgari vasıf ve şartlarını kiralanma ve kullanılma esaslarını üretim alanlarının kiralanmasını ve işletilmesini ve buralarda verimliliğin artırılmasını sağlamak su kaynaklarının kirletilmesini önleyecek ve su ürünlerini korumaya yönelik tedbirler almak,

d) Amatör ve ticari balıkçılık ile ilgili düzenlemeleri, gerekli işlem ve denetlemeleri yapmak,

e) Akarsu ve kuru dere yataklarından kum, çakıl ve benzeri maddelerin alınması ve işletilmesi faaliyetlerine ilişkin su ürünlerini korumak adına çevresel etki değerlendirme çalışmalarını yürütmek,

 f) Alıcı ortam su kirliliği çalışmaları, atık su kirliliği denetimi işlemleri gibi koruyucu ve sürdürülebilir su üretimini sağlayıcı işlemler yapmak,

g) Görev alanı ile ilgili bilgi ve yeni teknolojileri balıkçılara ve su ürünleri yetiştiricilerine ulaştırmak, tüketicileri bilgilendirmek,

ğ) Balıkçılar ve diğer sektör paydaşları için eğitim programlarını ve projeleri uygulamak,

h) Kayıt sistemleri veri girişleri ve kayıt sistemlerine dayalı destekleme uygulamalarını yapmak,

ı) Av kotalarının takip ve denetimini yapmak

i) Su ürünleri istihsalinde bulunacak gemiler ve kişiler için ruhsat tezkerelerini, avlanma izinlerini düzenlemek, ruhsat tezkerelerinin vize işlemlerini yapmak,

 j) Yasa dışı, kayıt dışı ve düzensiz avcılığın önlenmesine yönelik olarak, deniz ve içsu alanlarında, karaya çıkış noktalarında, toptan ve perakende satış yerlerinde kontrol ve denetim faaliyetlerinde bulunmak,

k) Yasak vasıta ve usullerle yapılacak araştırmalar için verilen iznin, uygulamasını takip ve kontrol etmek.

l) Nesli tehlikede olan türlerin ticareti ile ilgili işlemleri yürütmek,

m) Su ürünleri ile ilgili menşe ve nakil belgelerini düzenlemek veya düzenletmek ve denetlemek,

n) İlçelerden gelen bilgiler ve talepler göz önünde bulundurularak balıklandırma ihtiyacının teminine yönelik işlemleri yürütmek,

o) Çevre dostu üretim modellerinin uygulanmasını sağlamak

ö) Balıkçılık idari binalarının işletilmesini sağlamak,

p) Diğer mevzuat ve il müdürü tarafından verilecek benzeri görevler yapmak.​